Для развития и эффективного функционирования предприятий АПК является система управления сельскохозяйственным производством.
Эффективной системой управления являются условия, обеспечивающие достижение производственным коллективом поставленных целей в оптимальные сроки при оптимальных количественных и качественных показателях и необходимых затрат ресурсов. Эффективность управления позволяет дать оценку этому процессу производства и характеризует скорость движения целей и величину затрат. Особенно остро встает проблема эффективного внутрихозяйственного управления, в том числе себестоимостью сельскохозяйственной продукции, которое приобретает все большее значение в условиях сложности и высокой активности происходящих событий на продовольственном рынке, необходимости адаптации к быстро меняющимся условиям внешней среды, что определяет исследование способов и приемов организации внутреннего контроля аграрных предприятий.
Одной из функций управления затратами в аграрных предприятиях является система внутреннего контроля, которая может выступать в различных формах: посредством выполнения контрольных функций отделом внутреннего контроля, отделом аудита, экономическим или финансовым отделами.
В соответствии с действующим законодательством России целью аудита затрат на производство продукции является выражение мнения о достоверности проверяемого объекта аудируемых лиц и соответствии порядка ведения управленческого учета законодательству, что является необходимой информацией в управленческой деятельности, в частности при калькулировании себестоимости сельскохозяйственной продукции. Важнейшей целью аудита затрат является оценка непрерывности управленческого учета сельскохозяйственных процессов и явлений.
Внутренний аудит может осуществлять комплексную или тематическую проверку затрат аграрного предприятия. Комплексная управленческая аудиторская проверка правильности и достоверности отнесения текущих затрат на производство и реализацию сельскохозяйственной продукции имеет большое значение, так как полная себестоимость является одним из основных оценочных показателей, определяющих эффективность работы аграрного предприятия.
Современный подход к аудиту затрат на производство и калькулирование себестоимости сельскохозяйственной продукции предполагает изучение стратегии процессов аграрного производства и продажи сельхозпродукции.
Методика и цели, преследуемые при проведении аудита, предполагают проверку надежности учетной информации; точности и полноты отражения отдельных элементов и статей затрат; выявления случаев нарушения достоверности общей калькуляции себестоимости сельскохозяйственной продукции и результатов хозяйственной деятельности; соблюдения требований, вытекающих из специфики аграрного производства.
Для организации аудита затрат на производство сельхозпродукции можно показать на схеме управления аграрным предприятием. В основу модели аудита положены географические, экономические сегменты предприятия, по которым формируется информация по видам деятельности, структурным подразделениям и производимой продукции. Схема аудита производственных затрат предопределяет его проведение в агрофирмах, агрохолдингах и других организациях, которые имеют структурные подразделения.

Данная схема аудита производственных затрат основана на информационной базе управленческого учета затрат. Обязательной составляющей производственного управленческого аудита является его планирование, принципы и значение которого раскрыты в ФСА-3 «Планирование аудита» и в МСА-300 «Планирование».
В процессе планирования необходимо рассмотреть множество аспектов, для того чтобы разработать и оформить документально общий план аудита производственных затрат аграрного предприятия, оценить масштаб и порядок аудиторских действий, составить программу аудита, определить характер, временные рамки и объем запланированных аудиторских процедур.
Процесс планирования включает процедуры знакомства с хозяйственным субъектом вплоть до подготовки аудиторского заключения. До начала проверки аудиторам необходимо изучить организационные и технологические особенности организации, специализацию, масштабы и структуру каждого вида сельскохозяйственного производства. Для обоснованности применяемого варианта формирования информации о расходах, метода учета производственных затрат и варианта сводного учета особое внимание уделяют проверке учетной политике организации.
Проведение аудита и выводы аудитора должны основываться на системе достаточных надлежащих аудиторских доказательств.
Аудит затрат основного и вспомогательного производства предусматривает проверку правильности корреспонденции счетов, соблюдения порядка использования типовых проводок, соответствия оборотов бухгалтерских регистров и главной книги по счетам. Результаты проверки оформляются рабочими документами аудиторов. Следующим этапом аудиторской проверки является проверка распределения затрат на обслуживание производства и управление. При этом косвенные расходы, учитываемые на счетах 25 «Общепроизводственные расходы», 26 «Общехозяйственные расходы», распределяются на счета основного производства. В соответствии с действующими нормативными документами на счетах учета затрат может формироваться либо полная фактическая себестоимость продукции, либо фактическая производственная себестоимость. Выбор того или иного метода должен быть отражен в учетной политике организации.
Однако вне зависимости от того, что указано в учетной политике, организация должна в конце отчетного периода затраты, учитываемые на счете 25, распределить на счета 20, 23 «Вспомогательные производства».
Проведение внутреннего аудита позволит повысить достоверность информации о составе затрат и порядке формирования себестоимости продукции, необходимой для разработки мероприятий по оптимизации затрат, формированию ценовой политики и стратегии аграрного предприятия, снижению налоговых рисков.