С распадом Советского Союза на мировой арене появились новые суверенные государства, которые стремились провозгласить независимость своего внешнеполитического курса.
Узбекистан, устремленный к политическому преобладанию в Центральной Азии, оперировал рядом факторов, объясняющих его притязания: географическое положение — наличие границ со всеми государствами постсоветской ЦА и Афганистаном, самое большое население в регионе, а также существование крупных узбекских диаспор в соседних странах.
Такие амбициозные планы шли в разрез с политикой как России, которая была направлена на поддержание собственных позиций в этом регионе, так и Казахстана и Киргизии. Узбекистан искал союзника, который бы разделял с ним интерес нераспространения иного влияния на пространстве Центральной Азии. Руководство Ташкента нашло его в лице Соединенных Штатов.
Поворотными событиями во внешней политике Ташкента в конце 90-х гг. стали отказ продлить участие в Договоре о коллективной безопасности и присоединение Узбекистана к ГУАМ, группировке, которая ориентировалась больше на европейские и международные структуры, как некая альтернатива объединениям, возглавляемым Россией.
События 11 сентября активизировали американо-узбекские связи в военно-политической сфере. Это было осознание Америкой важности ЦА и роли этого региона в стратегии США. В Ташкенте расценили сложившуюся международную ситуацию как возможность упрочить статус ключевого партнера США в ЦА и подкрепить собственные притязания на региональное лидерство. В октябре 2001 г. в соответствии с соглашением между правительствами РУз и США «О транзите по территории и доступе к военной инфраструктуре в Республике Узбекистан и её использовании» была создана Военно-воздушная база «Карши — Ханабад» (К-2).
Статус Узбекистана как приоритетного для США государства региона был закреплен в подписанной в марте 2002 г. во время визита президента страны И. Каримова в США Декларации о рамках стратегического партнерства. В документе было зафиксировано, что «США будут с серьезнейшей обеспокоенностью рассматривать любую внешнюю угрозу безопасности и территориальной целостности Республики Узбекистан».
Казалось бы, двустороннее партнерство США и Узбекистана будет носить долговременный характер. Но стали возникать промедления или нежелание соглашаться друг с другом.
В декабре 2003 г. Узбекистан предложил Соединенным Штатам заключить новое соглашение об использовании военной базы в Ханабаде. Ташкент настаивал на введении арендной платы за базу. Вашингтон ответил, что удовлетворен существующим положением дел. В течение 2004-2005 гг. Узбекистан безуспешно поднимал вопрос о пересмотре соглашения об использовании базы в Ханабаде не менее шести раз.
Соединенные Штаты понимали, что им нужен «близкий по духу» союзник на пространстве ЦА. Ричард А. Баучер, в то время представитель Госдепартамента заявил, что из-за отхода Узбекистана от демократических реформ, Вашингтон намерен прекратить экономическую помощь Ташкенту, составлявшую 18 млн. долл. Но от режима Каримова, авторитарно правящего Республикой 20 лет, вряд ли можно было ожидать поползновений в сторону демократических преобразований.
Ожидания РУз на том этапе также не оправдались. Внешнеполитическая ориентация на Вашингтон не обернулась ростом американских инвестиций в экономику страны. Весной 2004 г. была отклонена просьба Узбекистана об увеличении американской экономической помощи, выраженная в личном послании Каримова президенту Бушу. Узбекистан начинает балансировать между США и Россией.
В июне 2004 г. был заключен Договор о стратегическом партнерстве между Россией и Узбекистаном, предусматривавший возможности взаимного использования сторонами военной инфраструктуры. Соглашение между «Узбекнефтегазом» и «Лукойлом» предоставило российской компании право на разработку газовых месторождений на юго-западе Узбекистана.
Реакция США и заявление И. Каримова о причастности к событиям в Андижане «заморозили» отношения США и Узбекистана, которые, возможно, понимали, что понесут незначительные потери, прервав отношения друг с другом.
События, которые прошли в Андижане в мае 2005 г. вызвали резонанс в обществе. Незадолго до этого, в феврале, начался судебный процесс над 23 местными предпринимателями, которые обвинялись в участии в запрещенных фундаменталистских организациях и сотрудничестве с исламистским движением «Акрамийя». В ночь на 12 мая, сторонники осужденных, ворвались на территорию тюрьмы и освободили осужденных, после захватили здание администрации. Постепенно туда стягивались жители, родственники мятежников, случайные прохожие, требовавшие борьбы с нищетой и безработицей. В результате без предупреждений и разгона митингующих, силы безопасности применили автоматическое оружие, что стало причиной гибели сотен гражданских лиц. Возможно, помня последствия «цветных революций», произошедших в соседних странах, таким кровавым способом И.Каримов решил остановить движения митингующих.
США не признали официальную версию андижанских событий, изложенную узбекскими властями, которые заявили, что произошло жесткое пресечение масштабной и тщательно спланированной террористической вылазки. Вашингтон обвинил узбекские власти в неразборчивом применении силы и потребовал международного расследования и созыва независимой комиссии по расследованию, согласия на которое Ташкент не дал. Совет министров ЕС, ввиду отказа Ташкента от проведения международного расследования событий в Андижане, ввел санкции в отношении Узбекистана, состоящие в частичной приостановке Соглашения о партнерстве и сотрудничестве, эмбарго на поставку оружия и запрете на въезд в ЕС ряда узбекских должностных лиц, непосредственно причастных к андижанским событиям.
В ответ на это Каримов обвинил Вашингтон в организации андижанских событий. 29 июля 2005 г. узбекские власти потребовали закрытия американской военной базы в течение 180 дней, аргументируя это решение отсутствием платежей со стороны США и ущербом, наносимым окружающей среде. В середине ноября американские военные покинули Ханабад.
Таким образом, сотрудничество США и Узбекистана было приостановлено. Лидеры понимали, что на данном этапе совместная деятельность не принесет ни одной из сторон реальных выгод. США не устраивал «каримовский режим» узурпатора, не принимавшего иных способов ведения политики, а Узбекистан, в свою очередь, не ощутил финансовой помощи, на которую рассчитывал.